Am 12. Oktober 1849 errichte der damalige Pastor der St. Peter-Paul-Gemeinde Ludwig Harms ein Missionsseminar. Daraus entwickelte sich die Hermannsburger Mission und 1977 das Ev.-luth. Missionswerk in Niedersachsen (ELM). Die Verbindung zwischen Mission und Gemeinde ist bis heute lebendig geblieben. Dieses wird u.a. daran deutlich, dass die St.-Peter-Paul-Gemeinde mit einen Sitz im Missionsausschuss vertreten ist.
Die Arbeit des ELM wird aktiv durch Kollekten und Fürbitten unterstützt. Mitarbeitende des ELM predigen regelmäßig in der Gemeinde. Häufig sind auch Gäste aus den Partnerkirchen im Gottesdienst zu Besuch. Daneben sorgen aus der Wirken der Mission entstandenen Bildungseinrichtungen wie das Ludwig-Harms-Haus, das Evangelische Bildungszentrum Hermannsburg (EBH) oder die Fachhochschule für Interkulturelle Theologie Hermannsburg (FIT) dafür, dass Kirche in Hermannsburg als Teil der weltweiten Kirche erlebt und verstanden wird.